IEEE802.1Qで相性問題？

職場でのおはなしなんですけど，Allied TelesisのCentreCOM GS908Mというインテリジェントスイッチを接続しようとしてたんですね．ちなみに対向のスイッチはCISCOのCatalyst 3550-12Tっていう物です．

単なるL2スイッチとしては何の問題も無く接続できまして，さぁて次にVLANトランクキングを有効にして接続してみようかと設定してみたところ，ハマりました．はじめはCISCO側がISLになっていたなんていうお約束な（？）はミスは恥ずかしいのでさりげなくスルーして，ちゃんと両者ともIEEE802.1Qに設定した後もどうにも動作がおかしいのですね．他のどうでも良いような（良いのか？）VLANはちゃんと認識されているのですが，肝心の通常使うべきVLAN内のMACアドレスがなぜかGS908M側ではVLAN 1に属するものとして認識されてしまいます．デフォルトのVLANのIDなんて1にしておけば良いのに，というツッコミも来そうですが，そうも行かない事情というものがありまして，とにかくVLAN 1として認識されちゃ困るんです．

えーー，なんで？　なんで？　どーして？　IEEE802.1Q準拠ってGS908Mのマニュアルに書いてあるよねぇ，と散々悩んだわけですが，実は原因はCISCO側にありました(爆)．該当インタフェイスの設定に

switchport trunk native vlan vlan-id

という行がありまして，こいつがあるとvlan-idが10でも100でも500でも，GS908M側ではVLAN 1に属するものとして認識してしまうようです．まぁわかってしまえば納得できる動作ではあるんですけどね．ってことで，どなたかの参考になれば幸いです．えっ？　普通そういう設定はエンドユーザがするものではないんですか，そうですか．ちなみにわたくしCCNAとか持ってません．